Um den deutschen Angriff auf die Krim zu unterstützen, wurden 6 deutsche U-Boote vom Typ II B nach Konstanza am Schwarzen Meer verlegt. Den Weg dorthin setzten die Boote, die in der Ostsee als Schulboote eingesetzte waren, auf der Elbe bis Dresden und anschließend über den Landweg zur Donau bei Ingolstadt zurück. Die Boote wurde dabei zum Teil zerlegt und auf die Seite gekippt, um auch niedrige Brücken passieren zu können. Nach Erreichen der Donau wurde der Zusammenbau in Wien begonnen und im schwarzen Meer erfolgte dann die Endausrüstung. Die Boote griffen russische Nachschublinien an. Am 10. September 1944 endete der deutsche Einsatz im Schwarzen Meer, als sich nach Verlust von Konstanza die letzten 3 deutschen U-Boote in der Nähe der türk. Küste selbstversenkten. U 18 und U 24 wurden bereits im August 1944 wegen Abnutzung und Schäden selbstversenkt worden. U 9 wurde im selben Monat von russischen Fliegerbomben zerstört.
Neben den deutschen U-Booten operierten auch die drei U-Boote der rumänischen Flotte im Schwarzen Meer, jedoch mit geringerem Erfolg. Es wurden auch in Italien hergestellte Kleinst-U-Boote eingesetzt, sowohl unter italienischer als auch unter rumänischer Führung. Die italienischen Kleinkampfmittel operierten dabei meist in Zusammenwirkung mit Schnellbooten.
Die U-Boote der sowjetischen Schwarzmeerflotte operierten gegen den Schiffsverkehr der Achsenmächte. Das bekannteste Ereignis des U-Boot-Krieges im Schwarzen Meer war die Versenkung des unter panamesischer Flagge fahrenden bulgarischen Dampfers Struma am 24. Februar 1942 durch das russische U-Boot Scht-213 ( ?-213 ), bei dem 768 jüdische Flüchtlinge ums Leben kamen